Altoandino
A mais de 1600 metros sobre o nível do mar, os solos ralos, as baixas temperaturas, os fortes ventos e intensas nevoadas não permitem um bom desenvolvimento da vegetação. Apenas crescem em forma dispersa pequenas plantas adaptadas a estas rigorosas condições climáticas.
Aqui habitam o esquisito esquilo patagônico e o majestoso Condor. Durante o verão é refúgio para o veado andino, mas ao chegar o inverno a fauna que aqui habita, descende à procura de alimento e de um clima mais favorável. A neve acumulada durante o inverno nesta zona do Parque alimenta as últimas geléias e a delicada rede de arroios, rios, lagos e lagoas
Bosque Úmido
Ocupa as vertentes e vales, por debaixo do ambiente altoandino. Nesta zona, de abundantes chuvas e clima temperado, crescem grandes árvores como o coihue e a lenga formando florestas densas. Em lugares mais secos desenvolve-se o cipreste e o ñire.
Estas florestas de espetacular colorido (vermelhos, ocres e verdes) proporcionam refúgio e alimento a numerosas espécies de animais como o Pudú, o Gato Huiña e o Macaco de Monte. Aves como o Pica-pau Preto, o Rayadito e a Cotorra austral habitam nesta região. Numerosos lagos se encontram entre estas florestas, o mais destacado é o Lago Nahuel Huapi cuja superfície é de 560 km² e uma profundidade máxima de 454 metros. Outros lagos são o Traful, o Espejo, Gutierrez, Mascardi, etc.
Floresta de Transição
Pastiçais áridos com tons amarelos e laranjas, florestas de escassa folhagem são característicos desta zona. As chuvas não são abundantes. O cipreste da Cordilheira é típico da floresta de transição. Tem maior variedade de animais que na floresta úmida, já que convivem espécies típicas da floresta com as que preferem os pastiçais de estepe.
Estepe
Nesta ampla extensão, de paisagem ondulada, os fortes ventos e a escassez de chuvas no verão, dificultam o crescimento de árvores. Predominam algumas variedades de grama de folhas duras e pequenos arbustos, como o neneo, o coirón doce e o amargo são os mais freqüentes.
Aves de rapina como o gavião cinzento e o alconcito colorado, caracterizam a fauna da zona. Apesar da aridez deste ambiente, alguns animais mamíferos como guanacos, raposas, pumas e várias espécies de lagartixas e roedores, encontram aqui um lugar propício para seu desenvolvimento.
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