Los vuelos Lima – Iquitos y viceversa, cuentan con salidas diarias vía Aero Condor, Lan Perú y Star Perú, con una duración aproximada de una hora y media de viaje.

Es importante y de hecho se recomienda reconfirmar las reservas efectuadas además de horarios de salida y llegada de los aviones.

Debido a su grado de aislamiento sumado a la difícil geografía de la Amazonia, la ciudad de Iquitos no cuenta con red de carreteras ni caminos como para el buen transporte terrestre, haciendo posible su acceso unicamente por vía aérea o fluvial.

Por vía fluvial se llega desde varios destinos nacionales y extranjeros.

Los principales puertos fluviales desde donde parten embarcaciones a Iquitos son Pucallpa (río Ucayali), Yurimaguas (río Huallaga) y Santa Rosa, desde donde se puede acceder a Leticia.

El Río Marañon conecta Iquitos con la ciudad de Tarapoto vía Yurimaguas; los Ríos Napo y Putumayo la comunican con Ecuador.